化肥的使用，在提高作物產量的基礎上，也帶來了很多不好的影響，比如化肥運用量的增加破壞了土壤結構、污染了土壤環境，土壤營養也在逐步的失衡，而且問題越來越嚴重。特別是在土壤氮磷鉀三要素上的影響更為杰出，對于土壤營養的含量一般推薦運用土壤微量元素檢測儀,這樣能得出土壤中各個營養的含量參數，為上肥量提供科學有力的依據。
土壤微量元素檢測儀的測定結果可以發現，化肥運用過多，很多的NH4、K+和土壤膠體吸附的Ca2+Mg2+等陽離子產生交換，使土壤結構被破壞，導致土壤板結。很多施用化肥，用地不養地，形成土壤有機質下降，化肥無法補償有機質的缺少，進一步影響了土壤微生物的生計，不僅破壞了土壤肥力結構，而且還降低了肥效。
制造化肥的礦藏原料及化工原料中，含有多種重金屬元素、放射性物質和其他有害成分，它們隨同上肥而進入農田土壤形成污染，近年來土壤的污染日趨嚴重，已經影響到農產品的營養價值、耐貯藏性、抗逆性，然后影響到人類的身體健康狀況。
土壤微量元素檢測儀對長期運用氮磷鉀的土壤營養進行測定，發現N-P-K營養對土壤結構產生了相當的破壞力，導致了土壤營養的失調，營養丟失，污染加重。根據不同作物和土壤類型平衡科學配方上肥，用養結合，大力施行/測、配產供施一體化的農化服務，從根本上改進土壤結構培肥土壤提高化肥和有機肥吸收利用率，堅持地力久用不衰這樣既能節約生產成本，提高作物產量和改進產品品質，又能保護農業生態環境，然后提高農產品的質量，真正增加農品數量，也才能做到高產、穩產、適產優質、高產優質及高效。
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