熒光濾光片一般包含三片組合，即激發濾光片、發射濾光片和二色鏡。有的系統不帶二色鏡，這由光路結構決定。有的系統用激光進行激發，不需要激發濾光片。
激發濾光片：在熒光顯微鏡中，只有激發熒光的波長可通過的濾光片。過去使用的是短波通濾光片，現在基本上都使用帶通濾光片。與顯微鏡的光路呈45°角放置。
在基因表達分析中，熒光濾光片可以用來減少檢測樣品量，提高檢測效率，并增強PCR檢測的靈敏度和特異性。它有助于熒光標記物從原始樣品中分離出來，以防止影響重復實驗中熒光信號檢測的不確定因素。
在生物標志物鑒定和基因組等研究中，熒光濾光片也可以通過精準有效地檢測出少量的核酸片段，大大提高分子檢測的準確性。
熒光濾光片使用須注意：
1、濾光片的順序不能顛倒，在透射熒光顯微鏡中，最靠近光源處為吸熱濾光片，次之應放置激發濾光片組合，而后為被檢標本，最后安放阻擋濾光片。在落射熒光顯微鏡應用中，在激發濾光片和被檢標本之間必須加進色光分離反射濾光片(FT或RKP)。
2、使用濾光片時必須遵守斯托克斯定律，吸熱濾光片的透射波長<激發濾光片的透射波長<色光分離反射濾光片的透射波長<阻擋濾光片的透射波長。
3、使用濾光片時必須注意配用濾光片的透射譜線之間愈是相互靠近愈好。
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