水浴氮吹儀的保護如下：
1、加熱介質：使用蒸餾水和去離子水，這將防止在水浴壁上產生水垢。注意不要使用有機溶劑作加熱介質。
2、除藻劑：不加熱時，在水浴的水中加以除藻劑，可防止生物污染。不應使用酸性除藻劑，并應確保所用除藻劑不會影響所要處理的樣品。
3、換水：水浴中的水建議一周一換，不超過一月。
4、酸性環境：當接觸或暴露于酸性材料、蒸汽或樣品后，應當立刻清洗，用適度的碳酸氫鈉溶液或其它相似溶液中和，再用清水沖洗。長時間接觸酸性物質，將會損壞儀器。如長時間接觸酸性物質，則應采取保護措施。
5、針頭：每次使用完針后都應清洗，盡量減少針的污染。可使用有機溶劑沖洗、高壓消毒和索氏提取等技術。
6、浸沒：浴底耐水但不防水。絕不能將水浴浸泡在任何液體中，或放置在可能發生浸泡的地方。