1、首先聚同微波爐消毒和光波爐消毒的區別，就是金屬器皿不能用于微波爐但可以用于光波爐。用微波爐消毒，無論是加熱食物還是消毒物品，都不能選擇金屬器皿，包括鑲有金邊、銀邊的碗碟，可以使用玻璃、陶瓷、耐熱塑料和玻璃陶瓷等非金屬器皿。
這是因為金屬的微波透射性不好，自身微波損耗大且會反射微波，甚至會出現打火現象，影響微波爐的工作效能，對殺菌消毒也會有阻礙作用。
2、除了對食物的加熱，對物品進行加熱消毒時也要謹慎。首先，微波爐和光波爐可以對一般食具、口罩、毛巾等物品加熱。專家建議一般的非口罩應該每4小時換一次，用微波爐或光波爐加熱消毒后可以重復再用。
3、在加熱時應該把口罩用水浸濕，然后放在已加水的容器里，在爐里加熱2-3分鐘即可取出，取出時用毛巾墊住以免燙傷。加熱毛巾同理。
4、忌使用封閉容器：加熱液體時應使用廣口容器，因為在封閉容器內食物加熱產生的熱量不容易散發，使容器內壓力過高，易引起爆破事故。
5、爐內應經常保持清潔。在斷開電源后，使用濕布與中性洗滌劑擦拭，不要沖洗，勿讓水流入爐內電器中。
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