16S+ITS測序是對特定長度的PCR產物或者捕獲的片段進行測序，目前主要是應用高通量測序技術對特定環境中特定遺傳物質進行測序。大多數天然微生物都不能通過傳統的分離培養方法進行分離和克隆，這對于天然微生物定性和定量，探索微生物多樣性是嚴重的挑戰。擴增子測序可以克服傳統分離培養的弱點，對樣品中的微生物進行定性和定量，目前在微生物多樣性檢測中廣泛應用。 16S+ITS測序的原理和用途：
16SrDNA測序：16SrDNA是編碼16SrRNA的基因，存在于所有細菌基因組。其既能體現不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術較容易地得到其序列，目前被廣泛用于病原菌的檢測和鑒定。它的可變區經常用于不同微生物群落的屬或種系統進化分類。
ITS測序：在真核生物中，18SrDNA和28SrDNA轉錄間隔序列稱為ITS區。由于其是非轉錄區，承受的選擇壓力較小，變異強;屬于中度保守區域，利用它可研究種及種以下的分類階元。
16S+ITS測序技術優勢：
較低的成本：與宏基因組測序相比，對測序深度的要求更低，性價比較高；
鑒定效率高：與克隆或培養等傳統鑒定方法相比，微生物群16S/ITS測序是一種更快、更準確的方法。
高靈敏度：可以鑒定出豐度極低的細菌。
雙區檢測：針對一個或多個可變區域的靈活性，能夠進行更長的序列讀取，并能夠對菌落進行更準確的分析。
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