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凍干機的用途包括：
生物制品：活菌菌苗（如卡介苗、流腦菌苗）、火毒疫苗（如麻疹疫苗、狂犬疫苗）以及其他生物制品、生化藥品13。
西藥生產：多為針劑，包括抗生素藥、循環器官用藥、中樞神經用藥、維生素類和腫瘤藥物等13。
中藥生產：將配制好的中成藥，經過浸漬、提取、過濾、濃縮、凍干后再制成粉劑、片或針劑13。
醫療方面：利用凍干技術可以長期保存血液、動脈、骨骼、皮膚、角膜和神經組織等各種器官。凍干時細胞未被破壞，復水后生物體又能復活。例如凍干骨骼可以儲存在室溫或冰箱內長達2年13。
食品方面：烹飪原料（如肉、蛋、魚、蔬菜等）、飲料類（如咖啡、果珍等）、補品類（如花粉、蜂雛粉、鱉粉等）13。
其他應用：微生物和藻類的長期保存、生物標本和生物組織的干燥保存、制作用于光學顯微鏡、電子掃描和透射顯微鏡的小組織片、超細微粉的制備（如Al2O3、ZrO2、TiO2等）、化工中的催化劑（凍干后可提高催化效率5～20倍）、研究土壤、肥料、氣候對植物生長的影響及因子的作用、潮濕的木制文物、淹壞的書籍稿件等用凍干法干燥123。
凍干機的這些用途展示了其在多個領域的廣泛應用和重要性
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