對于氣相色譜而言，氣路連接管帶來的問題主要存在于這個方面。如果管路清潔程度不夠，即使使用高純度的氣源，在氣體流經管路的過程中，會將管路表面的污染物帶入儀器和色譜柱，導致基線噪聲過大、毛刺和雜峰；
管路的清潔要求
對于氣相色譜分析而言，良好的氣源純度對分析極為重要，除了保證氣源的質量之外，氣源的傳輸管線則顯得極為重要。為了保證輸入氣相色譜的氣源和色譜內部氣路的氣體的清潔，建議從色譜耗材供應商處購買預處理過的、合乎清潔要求的管路——不要從街邊或者五金店隨意購買。
在使用管路連接氣源和儀器時，一般需要將管路裁剪為合適的長度。如果是銅管或者不銹鋼管，則需要使用銼刀、鉗子、切管鉗或者工具。使用銼刀和鉗子是便宜和節省費用的切割金屬管的方式。首先使用銼刀在金屬管上銼出一圈約金屬管壁厚一半的凹槽痕跡，然后用洗耳球或者壓縮空氣吹干凈表面的金屬碎屑，再者使用鉗子以凹槽痕跡為中心輕輕彎折管路，即可將金屬管折斷；后使用銼刀將切口磨平，同時用用洗耳球或者壓縮空氣吹干凈表面的金屬碎屑。
使用銼刀和鉗子便捷省事，但是可能會帶來大量的金屬碎屑進入管路，同時切口可能不平，有可能劃破用來密封的O型圈等。這些細節在操作時候應當格外注意。對于不銹鋼管路來說，其具有銅管路的所有的優點；特別需要注意的是，同樣規格的不銹鋼管路要比銅管路硬度高，這樣就避免了銅管反復拆裝過程中帶來的變形和易折斷的缺點。
