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深度測序和普通的二代測序有什么區(qū)別？有什么應(yīng)用
閱讀：1759 發(fā)布時(shí)間：2020-10-23
有兩種體細(xì)胞突變?nèi)菀妆缓鲆昩ai，一種是局限在特定組織的突變。舉例來說，如果突變只存在于大腦，而我們檢測的是血液，那就找不到這些致病突變。另一種致病性體細(xì)胞突變雖然發(fā)生在所有組織中，但是只影響一部分細(xì)胞，因此不容易被檢測到。
普通的二代測序，全基因組或外顯子組測序是將DNA分成小片段，然后對各個(gè)片段多次讀取(一般是三十次)。然而，如果突變只發(fā)生在15-20%的細(xì)胞中，三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們，尤其是當(dāng)突變只影響一個(gè)基因拷貝時(shí)。
Walsh和博士后Saumya Jamuar通過“定向高覆蓋度測序”技術(shù)，為158名腦部疾病的患者鑒定致病突變，這些患者的癥狀包括癲癇、智力障礙、語言障礙等。
研究人員并沒有分析整個(gè)基因組或外顯子組(所有蛋白編碼基因)，而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上，并且大大提高了測序的深度。
在一些疾病如唐氏綜合征中，嵌合突變相較于影響全身細(xì)胞的突變，產(chǎn)生的癥狀要輕一些。但是很少量的變異細(xì)胞就足以引發(fā)損害人身心健康的癥狀，在以往的研究中，為了從普通基因組中檢測到這些突變，研究人員就不得不增加測定的序列數(shù)量。而對少數(shù)候選基因區(qū)域進(jìn)行的平均300次深度測序，就可以有效辨別被誤認(rèn)為測序錯(cuò)誤的突變。