菌落計數儀是一款速度快、功能強大的菌落自動化操作工作站，廣泛應用于大規模的微生物功能基因組研究或化學基因組研究。
一般采用成像分析法實現自動計數，即由成像硬件，分析軟件組成，成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。成像速度快，分析軟件能夠自動校正背景、將嚴重粘連在一起的團裝、鏈狀分布菌落自動分割開來；能自動識別菌落計數分類以及對抗生素效價分析、藥敏分析功能等。
菌落計數儀的使用方法：
1、將電源插頭插入220V電源插座內。將探筆插入儀器上的探筆插孔內。
2、將電源開關撥向開，計數池內燈亮。同時顯示窗內顯示明亮的，表示允許進行計數。
3、將待檢的培養皿底朝上放入計數池內。用探筆在培養皿底面對所有的菌落逐個點數。此時，菌落處被標上顏色，顯示窗內數字自動累加。
4、用放大鏡仔細檢查，確認點數無遺漏，計數即已完畢。
5、顯示窗內的數字即為該培養皿內的菌落數。
6、記錄數字后取出培養皿。按復按鈕，顯示恢復，為另一培養皿的計數做好準備。
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