色譜保護柱在液相分析中是至關重要的，保護柱能夠過濾色譜系統內部污染和樣品污染，從而達到保護色譜柱的效果。特別是做中藥、天然產物、合成物等基質復雜的樣品分析檢測時，建議使用恒譜生色譜保護柱。因為基質復雜，樣品溶解度差異不同，樣品析出污染色譜柱的幾率大大增大，梯度洗脫時影響更大，使用恒譜生保護柱能夠有效過濾污染物，保證實驗結果的準確性。
保護柱會不會影響分離效果？
通常來講，理想的保護柱填料與分析柱填料一致，具有相同的選擇性，被測物基本上全被洗脫出來，不會影響待測物的響應值。
保護柱柱長選擇恰當的話，不會產生峰擴散，也基本不會引起分離度的降低。
如何選擇保護柱？
1、保護柱與分析柱應具有相同填料、相同粒徑、相同內徑，以確保選擇性一致（同一個品牌）。
2、一般長度為10mm的保護柱可以起到充分的保護作用，過長的話可能會引起待測物的譜帶擴張。
3、盡量選擇可更換柱芯的的保護柱，柱芯價格相對便宜，易于使用和維護，而且死體積小。
4、如果是用于UHPLC柱，還要考慮一下保護柱的耐壓能力。
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