昊然靶中化合物設(shè)計/靶點及信號通路驗證之酶抑制劑靶點預(yù)測

西安昊然生物科研新方向：酶抑制劑靶點預(yù)測，包括藥物靶點評估、化合物庫定制、AI虛擬篩選藥物服務(wù)、分子對接篩選定制、藥效團篩選定制、靶中化合物設(shè)計、靶點及信號通路驗證，小編分享靶中化合物設(shè)計/靶點及信號通路驗證，一起來看：

靶中化合物設(shè)計

藥物(含農(nóng)藥)研發(fā)過程中關(guān)鍵的步驟之一就是盡可能地發(fā)現(xiàn)或設(shè)計作用靶標(酶)抑制劑的先導(dǎo)結(jié)構(gòu)。目前，發(fā)現(xiàn)或設(shè)計靶酶抑制劑先導(dǎo)結(jié)構(gòu)已經(jīng)從傳統(tǒng)的隨機篩選發(fā)展到在有效的分子模擬指導(dǎo)下針對靶酶結(jié)構(gòu)特征進行合理設(shè)計的后基因組時代。由于在分子水平上認知受體——配體相互作用的詳細機理能夠有效地提高新型高效抑制劑先導(dǎo)結(jié)構(gòu)合理設(shè)計和篩選研究的速度和準確度，因此，分子水平上認知受體——配體相互作用的詳細機理往往是研發(fā)靶酶抑制劑過程中重要的科學(xué)問題。目前主要是通過各種現(xiàn)代分子模擬、基因工程、光譜表征和有機(固相)合成等技術(shù)交叉集成來研究和闡明靶酶活性中心與底物、特別是配體(抑制劑)分子間相互作用的詳細機理。

例如：分別以稻瘟菌的羊毛甾醇14α-脫甲基化酶(mg-cyp51)、柑桔綠霉菌的羊毛甾醇14α-脫甲基化酶(pd-cyp51)為研究對象，根據(jù)p450家族酶系蛋白氨基酸-級序列同源性不高、空間二維、三維結(jié)構(gòu)性質(zhì)較保守的特點，利用cphmodels方法分別構(gòu)建出了較可靠的mg-cyp51、pd—cyp51的空間三維結(jié)構(gòu)模型，再根據(jù)蛋白活性空腔的疏水性較強的特性，采用與之相對應(yīng)的組合對接和打分程序方法(flex-pharm/pmf/gold，flexx/pmf/gold)，以及已有抑制劑的作用機制信息，針對兩個體系我們分別篩選出19和27個候選抑制劑苗頭化合物。根據(jù)各自的酶體和菌體水平的活性測試結(jié)果顯示，候選苗頭化合物中有多個化合物都具有很好的抑制活性，可以作為很好的先導(dǎo)化合物進一步研究。

靶點及信號通路驗證

研究體外的大鼠肝星狀細胞(hsc)被纖維化大鼠血清激活的可能機制.

方法：分別使用纖維化大鼠血清以及正常大鼠血清干預(yù)hsc 14 d后,提取兩組hsc的全蛋白,使用label free的方法對其進行蛋白質(zhì)組學(xué)分析,采用非數(shù)據(jù)依賴型的采集方法,比較得出差異蛋白,使用基因本體(gene ontology,go)數(shù)據(jù)庫、京都基因和基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,kegg)數(shù)據(jù)庫對差異蛋白進行分析.結(jié)果 兩種方法共鑒定出差異蛋白221個,這些蛋白主要定位在細胞器與膜上,能夠執(zhí)行催化活性和細胞功能調(diào)節(jié)等分子功能,它們參與代謝、生物調(diào)節(jié)等26種生物過程.kegg富集分析發(fā)現(xiàn)這些蛋白質(zhì)主要參與了類固醇與膽固醇代謝的過程.

結(jié)論：鈣粘蛋白-2、纖維連接蛋白、notch 1蛋白和notch 2蛋白異常表達時,與hsc的激活高度相關(guān),這幾種蛋白可能是hsc激活的靶點蛋白;細胞外基質(zhì)相互作用信號通路以及notch信號通路是與hsc激活高度相關(guān)的通路.

酶抑制劑靶點預(yù)測相關(guān)內(nèi)容：

藥物靶點評估

化合物庫定制

AI虛擬篩選藥物服務(wù)

分子對接篩選定制

藥效團篩選定制

靶中化合物設(shè)計

靶點及信號通路驗證

溫馨提示：西安昊然生物供應(yīng)產(chǎn)品僅用于科研，不能用于人體，小編RL2023.4