一體化蒸餾儀是由6個單元的加熱裝置組成的，玻璃蒸餾器皿洗刷儀器時，應首先將手洗凈，免得手上的油污附在儀器上，增加洗刷的困難，一般的全玻璃蒸餾器，如燒杯、燒瓶、錐形瓶、試管和量筒等，可以用毛刷從外到里用水刷洗，這樣可刷洗掉水可溶性物質、部分不溶性物質和灰塵。
若有油污等有機物，可用一定濃度的洗潔精水溶液浸泡一定時間后，再用蘸有洗滌劑的毛刷擦洗，然后用自來水沖洗干凈，再用純化水潤洗內壁2～3次。洗凈的玻璃儀器內壁應能被水均勻地潤濕而無水的條紋，且不掛水珠。常使用磨口的玻璃儀器，洗刷時應注意保護磨口。
玻璃蒸餾器皿在使用后須立即清洗，針對濾器砂芯中殘留的不同沉淀物，采用適當的洗滌劑先溶解砂芯表面沉淀的固體，然后用減壓抽洗法反復用洗滌劑把砂芯中殘存的沉淀物全部抽洗掉，再用蒸餾水沖洗干凈。用來配制、盛放高濃度溶液的帶磨口塞的玻璃儀器，如，容量瓶、比色管、滴定管等，用后應及時把溶液倒出，廢棄處理或放入試劑瓶中貯存，并及時清洗，以防溶質析出，堵塞磨口塞，損壞玻璃儀器。
玻璃蒸餾器皿清洗步驟，切斷電源，關上自來水開關，移下冷凝管，但不需拆下塑料管。小心加入約100ml濃鹽酸待橫式燒瓶內，與瓶內的水稀釋成稀鹽酸，如積垢較多，鹽酸量可多一些。數分鐘后，由水位器放出，然后用自來水沖洗數次，為了清除微量鹽酸，可將燒瓶前后插動使不易清洗的死角也沖洗清潔為止。當再次蒸餾后，開始10分鐘內所蒸餾的水，舍去不用。
儀器的清洗，在蒸餾一段時間后，水垢就積聚在橫式燒瓶內及石英加熱管表面上，這時需要進行清洗，清洗的次數主要視自來水的硬度和使用時間而定，入儀器長時間不進行清洗，要影響蒸餾效果，嚴重的要損壞加熱管，并且清洗時間也要延長。
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