微生物快速鑒定質譜技術作為強大的技術分析，在生物醫學研究領域已有較長的應用歷史。由于這些技術靈敏度高、特異性強、且能夠同時檢測多種化合物的特點，在西方國家的臨床診斷應用研究工作中得到了十分快速的發展，為疾病的診斷、預后和治療以及人體健康的評估等做出了*而重要的貢獻。
微生物快速鑒定質譜儀的性能包括分辨率、敏感度或探測極限和準確性等，這些性能都與質譜儀的類型、采用的離子化方法和掃描能力有關。不過沒有哪一個儀器能同時在上述所有方面都占優，在選擇儀器的時候要根據實驗需要進行相應的取舍。
質譜儀通常使用的都是離子模式來鑒定蛋白質的氨基酸序列。目前所有的MS/MS質譜儀都具有該功能。不過其它特殊的質譜儀也具有MS/MS功能。如果要發現蛋白質中的某個功能基團則需要用到母離子掃描功能或者中性丟失掃描功能。
而這就要用到三重四級桿質譜儀，或四級桿離子阱質譜儀，比如復雜混合物里的蛋白質磷酸化位點和糖基化位點就都可以用這種方法（在碰撞池中產生特殊的報告離子，通過它來進行特殊的功能檢測）檢測出來。
在一個典型的質譜檢測試驗中，首先先用母離子掃描或中性丟失掃描都能發現目標組分，然后再用傳統的MS/MS方法鑒定蛋白質的氨基酸序列以及定位修飾位點。
已知的或未知的分析物都以高的敏感度和選擇性能被定量檢測出來。這種高選擇性得益于質譜儀能夠對代表一個肽段的一對母離子和片段裂解物離子進行實時監測。
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