微生物快速鑒定質譜能用高能電子流等轟擊樣品分子，使該分子失去電子變為帶正電荷的分子離子和碎片離子。這些不同離子具有不同的質量，質量不同的離子在磁場的作用下到達檢測器的時間不同，其結果為質譜圖。
微生物快速鑒定質譜所檢測的離子要有較大的自由程才可以到達檢測器，其他氣體成分也可能與離子發生反應影響檢測，在質譜儀中工作的部件（如離子源燈絲、較密排布的高壓極板）需要在高真空下才能穩定工作。因此，質譜儀中的部件需要一個真空環境進行工作。
但不同類型的質譜儀器對真空的要求不同，既與儀器的類型有關，又與儀器的大小有關；質譜儀器的不同部分對真空的極限要求也不同，質量分析器是所有部分中對真空要求高的，離子源對氧的分壓要求比較苛刻，但對總壓的要求則比質量分析器低幾個數量級。所以真空系統的配置要視實際情況而定。
高壓恒流泵的維護和保養：
1、高壓恒流泵為整個微生物快速鑒定質譜系統提供穩定均衡的流動相流速，保證系統的穩定運行和系統的重現性。高壓輸液泵由步進電機和柱塞等組成，高壓力長時間的運行回逐漸磨損泵的內部結構。在升高流速的時候應梯度勢升高，每次要升高0.2mL/min當壓力穩定時再升高，如此反復直到升高到所需流速。
2、特殊情況下可拆下濾頭抽取以判斷其中是否堵塞；亦可用注射器吸取流動相通過吸濾頭打出以判斷其是否堵塞。若有堵塞情況可用異丙醇超聲波清洗；清洗不成功則需要更換
3、在微生物快速鑒定質譜使用完了以后，要及時清晰管路沖洗泵，保證泵的良好運轉環境，保證泵的正常使用壽命。
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