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一、buffer是干什么的？

PCR buffer（緩沖液）的作用就是給Taq酶提供一個最適的反應條件。一般含有Tris－HCL，Mgcl2+等成分。不同的pcr buffer成分可能不一樣。

二、buffer基本組分

1、Tris-HCl：具有良好的緩沖能力和對多種酶的兼容性，在PCR中的主要作用是調節反應體系的pH值，使PCR反應過程維持在一個穩定的ph范圍內；為酶反應提供恒定的酸堿環境，保持酶的活性，確保PCR擴增的順利進行。

2、K+：主要發揮穩定酶活性和參與模板DNA的解鏈作用。適當的鉀離子濃度可以維持Taq酶的活性，從而提高PCR反應的效率；結合到DNA鏈上的磷酸基團上，中和負電荷，減弱雙鏈復性時的負電荷相斥，穩定引物-模板復合體。

3、NH4+：NH4+以銨離子和氨的形式存在，可以與堿基之間的氫鍵發生相互作用，使錯配堿基間的不穩定的氫鍵容易斷開，在退火時促進引物的特異性結合。

4、Mg2+：和dNTP結合成復合物，作為聚合酶的底物，是聚合酶的激活劑；結合到DNA鏈上的磷酸基團上，中和負電荷，減弱雙鏈復性時的負電荷相斥，穩定引物-模板復合體。

三、注意

對于 Taq DNA聚合酶，緩沖液的一個常見成分是來自KCl的鉀離子（K+)，其可促進引物的吸附。有時，也可使用硫酸銨(NH4)2SO4 代替KCl。銨離子(NH4+)具有去穩定作用，尤其對于錯配引物-模板復合物堿基對之間的弱氫鍵，因此可增強反應特異性。

Mg2+ 濃度過低會降低聚合酶活性，導致PCR產物較少或無PCR產物。另一方面， Mg2+ 濃度過高則會提高引物-模板復合物的穩定性，產生非特異性PCR產物，并增加由dNTP錯誤插入導致的復制錯誤。由于NH4+ 與Mg2+具有拮抗效應，因此，在各種 Mg2+ 濃度下，含有(NH4)2SO4 的緩沖液都表現出更高的引物特異性。

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