MRM（Multiple Reaction Monitoring，多反應監測）和PRM（Parallel Reaction Monitoring，平行反應監測）是兩種靶向定量蛋白質組學的技術路線。以下是進行MRM/PRM定量蛋白組學分析的一般步驟：
一、樣品準備
1.蛋白提?。簭募毎?、組織或其他生物樣品中提取蛋白質。
2.蛋白處理：可能包括蛋白還原、烷基化、酶切等步驟，以將蛋白質轉化為適合質譜分析的肽段。
二、MRM/PRM方法開發
1.目標蛋白和肽段選擇：基于研究目的和已有信息，選擇需要定量的目標蛋白和對應的特異肽段。
2.同位素標記：如需要絕對定量，可使用同位素標記的目標肽段作為內參。
3.MRM/PRM方法建立：利用三重四級桿質譜儀（QQQ）或高分辨質譜儀（如Orbitrap系列），根據目標肽段的特性，建立MRM或PRM方法。這包括確定母離子、碎裂離子、碰撞能量等參數。
三、質譜分析
1.樣品進樣：將處理好的樣品進入質譜儀進行分析。
2.數據采集：在MRM模式下，質譜儀會針對預設的母離子進行篩選、碎裂，并采集選定MS/MS2離子的質譜信號。在PRM模式下，則是對目標肽段的母離子進行碎裂，并采集二級質譜中所有碎片信息。
四、數據分析
1.質譜數據解析：使用專門的數據分析軟件（如Skyline）對采集的質譜數據進行解析，提取目標肽段的信號強度。
2.定量結果計算：根據同位素標記肽段的信號強度，計算目標蛋白的絕對定量結果；或根據目標肽段與內參肽段的信號強度比，計算相對定量結果。
3.生物信息學分析：對定量結果進行進一步的生物信息學分析，如差異表達分析、功能注釋等。
五、結果驗證與解釋
1.方法驗證：通過對比已知濃度的標準品或與其他定量方法（如Western Blot）的結果進行對比，驗證MRM/PRM方法的準確性和可靠性。
2.結果解釋：結合研究背景和生物信息學分析結果，對定量結果進行解釋和討論。
技術特點與應用
MRM技術：
特點：檢測速度快、離子篩選能力強、儀器穩定性好、定量準確性高。
應用：適合對特定小群目標蛋白進行大批量樣本的定量檢測，尤其是臨床大隊列樣本。
PRM技術：
特點：操作簡便、檢測成本低、可靶向監測的離子數量多。
應用：適合小批量樣本、較多目標蛋白靶向定量檢測的實驗需求。
MRM/PRM定量蛋白組學分析是一種高精準度的蛋白定量鑒定技術，通過合理的樣品準備、方法開發、質譜分析、數據分析和結果驗證步驟，可以對復雜樣品中的多個目標蛋白進行精準定量研究。
MRM/PRM定量蛋白組學分析實驗流程
