de novo蛋白質測序: 基本概念與應用檢測技術服務詳情介紹

蛋白質de novo測序（從頭測序）是指不依賴已知的蛋白質數據庫，直接確定蛋白質的氨基酸序列。與其他一些分析方法依賴于已知的蛋白質序列數據庫或已知的質譜數據庫不同，。該方法開發的軟件包括PepNovo、PEAKS和pNovo。從頭測序利用串聯質譜根據肽的碎片特征進行直接分析。因此，蛋白質數據庫中未包含的肽序列、新物種的蛋白質序列以及基因組尚未測序的蛋白質序列都可以被分析

圖 1. 通過質譜法進行肽從頭測序的過程

從頭測序的基本原理

在質譜分析中，待分析物質的顆粒在通過電磁場之前首先被電離。由于。在使用串聯質譜進行肽鑒定的過程中，肽從頭測序可以直接從二級圖譜中推斷出zuì可能的肽序列。找到特定的斷裂模式后，可以根據質譜峰與氨基酸翻譯后修飾之間的質量差計算出相應的氨基酸信息。不同質荷比的離子在電磁場中受到的力不同，其運動軌跡和飛行時間等能夠分離和檢測離子的特征也不同

從頭測序應用

• 生物樣品中未知肽序列的分析和檢測、

• 末端殘基缺失的肽的檢測、

• 賴氨酸和liàngānsuān的鑒定

• N端封閉和環狀蛋白質的鑒定

• 準確測定未知蛋白質或肽的序列信息以方便分析

• 未知蛋白的功能研究

• 商業修飾蛋白和酶序列的準確測定

• 穩定細胞系中表達的蛋白序列的準確測定

• 抗體一級結構序列的單克隆分析等

de novo蛋白質測序比依賴數據庫的測序方法更為復雜和挑戰性。短的多肽片段相對容易測序，但隨著片段長度的增加，可能的氨基酸組合呈指數增長，從而增加了解析的復雜性。

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