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蛋白質測序數據類型解析

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蛋白測序通常指的是確定dànbáizhì的氨基酸序列。這涉及對dànbáizhì的氨基酸進行排序,以確定它們在dànbáizhì中的確切順序。蛋白測序的數據結果可以描述為以下數據類型:


1、氨基酸序列:

這是dànbáizhì測序的主要輸出,表示為一個由20種標準氨基酸單字母代碼組成的字符串。例如,一個小的蛋白片段可能有序列“MGSDKI".

Edman測序研究案例

圖1

2、質譜圖數據:

如果使用質譜法進行dànbáizhì測序,會獲得一個質譜圖,顯示了不同的質荷比和相對強度。這可以幫助確定氨基酸片段的質量和組成。

從頭測序

圖2

3、覆蓋圖或映射:

這顯示了已經確定序列的dànbáizhì片段是如何映射回到整個dànbáizhì的。這可以幫助研究者了解已經確定了多少的dànbáizhì序列以及還有哪些區域尚未確定。

20221219-3038-肽段覆蓋率3.png

圖3


4、置信度得分:

對于每個確定的氨基酸位置,可能會有一個置信度得分,表明該位置的氨基酸標識的確信程度。


5、其他注釋:

可能包括已知的翻譯后修飾、亞單位信息、已知的結構域等。

通常,氨基酸序列數據可以存儲在簡單的文本格式中,如FASTA格式。而質譜圖數據通常會保存在專門的格式中,如.mzML、.mzXML或.raw格式。

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