隔離溫控系統開機前未將不需要開啟的機組上冷凝器的進水閥關閉造成竄水。一部分冷卻回水從不開機組冷凝器中流走，減少了正在運行機組冷凝器內的冷卻水流量，造成冷凝壓力上升，主機的運行電流增加，機組的制冷量下降，嚴重的還會使機組停止運行，既浪費電，又降低了制冷效果，還容易損壞設備。
由于上一項誤操作，隔離溫控系統主機的冷凝壓力和冷卻水出水溫度升高。給操作人員造成誤判斷，誤認為是冷卻水量不夠而開大冷凝器進水閥和冷卻水泵出水閥，有的還增開冷卻塔風機，造成水泵、冷卻塔風機耗電增加。更有甚者，盲目地去增開一臺冷卻水泵。雖然增開冷卻水泵的確可降低冷卻水溫和冷凝壓力，但畢竟一臺水泵運轉的電能白白浪費掉了，因而是錯上加錯。
隔離溫控系統制冷系統正確的操作方法是開機前將不需運行機組冷凝器進水閥關閉，防止竄水，接著打開將要運行機組冷凝器上的進出水閥(一般出水閥常開，進水閥根據需要開、關。冷凝器、蒸發器都一樣）開啟相應的冷卻水泵，調整冷凝器進、出水壓力降至68.6kPa(0.7kg/cm）左右（壓力降以能克服管路阻力為原則，低一些節電效果更佳）。若冷凝器進出水壓力表指針擺動過大，說明冷卻水系統有空氣，需排空氣待壓力表指示正常后繼續下一步操作。操作中，無論開幾臺隔離溫控系統組，均是一臺冷卻水泵對一臺主機（匹配要一樣）。
