全自動菌落計數儀是微生物實驗中普遍的實驗之一，是統計物品含菌數的有效方法，廣泛用于食品、飲料、藥品、生物制品、化妝品、衛生用品、飲用水、生活污水、工業廢水、臨床標本中細菌數的檢驗。常見測量方法：
1.計數器測量方法
打算用血細胞計數器計數。取一定體積的樣品細胞懸液放在血細胞計數器的計數室中，用顯微鏡觀察和計數。由于計數室的體積是固定的（o.1mm3），因此樣品中細菌的數量可以根據計數器規模中的細菌數量進行計算，該方法簡便易行，可馬上得到結果（該方法不僅適用于細菌計數，還適用于細菌計數。計數酵母和霉菌孢子）。
2.電子計數器計數法
電子計數器的工作原理是測量小孔中液體的電阻變化。小孔只能穿越一個單元格。當細胞通過小孔時，電阻顯著增加，形成脈沖并自動紀錄在電子記錄裝置上。此方法的測量結果相對較好，但只能識別微粒的尺寸，無法識別區分是不是是細菌。因此，細菌懸浮液中不需要碎片。
3.活細胞計數法
通常使用平板菌落計數法，其設計規范是每種活細菌都能發育一個菌落，取一定量的細菌懸液，進行一系列的稀釋，然后將定量的稀釋液鋪板。根據培養菌落的數量可以計算出培養物中的活菌數，該方法靈敏度高，是檢測活菌數水污染的一種方法，也是世界上許多國家所使用的方法。
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