硅膠基質液相色譜柱檢測的對象是高沸點、難氣化的大分子化合物，其具有、快速、靈敏的特點，在生物醫藥研究、檢測方面有較多的應用。然而，在使用硅膠基質液相色譜柱檢測生物醫藥上的樣品時，由于行業特性，樣品中的蛋白質殘留，時常會對液相色譜柱造成污染。本文主要介紹液相色譜硅膠鍵合反相柱上的蛋白質殘余清洗方法。
在檢測生物物質如血漿或血清等積累在反相色譜柱上，必須采用不同與其他物質的清洗方法。大部分情況下，純有機溶劑如乙晴或甲醇不溶解多肽和蛋白質，因此不能有效地清洗柱子。反而，有機溶劑和緩沖液、酸、離子對試劑等的混合物則能有效地溶解。為確保液相色譜柱再生的效果，建議在使用溶劑沖洗色譜柱之前，了解色譜柱的填料類型以及確保使用的溶劑能與柱子的填料相容。硅膠基質的柱子通常來說都是相容的，但有機聚合物基質的柱子可能會在某些溶劑組合中膨脹或收縮，這樣會影響色譜柱的柱效。
在使用溶劑清洗反相色譜柱時，須對每個溶劑系統至少要沖洗20體積。由于有些溶劑系統黏性很大，沖洗的流速應該相應調整以確保不會超過泵壓。當檢測的是尿液等樣品溶液時，至少應該用40～50體積的HPLC級水來沖洗柱子。
對于反相柱子，不建議用表面活性劑如十二烷基磺酸鈉（SDS）和三硝基甲苯，因為這些化合物必然會牢固吸附在硅膠鍵合相柱子上很難除去。用表面活性劑會影響裝填表面而改變其性質。然而有一個分離小組的研究表明由某個小組做的污染后的柱子可以用500μL1％SDS溶液用1ml/min的流速清除下多肽合成產物。如果繼續用從5%～95%含1%三氟乙酸的乙晴梯度洗脫，可以恢復多肽的分離。
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