重組腺病毒（rAAV）是一種廣泛使用的基因治療載體，目前共13種血清類型被鑒定。AAV衣殼由60個拷貝的三種蛋白亞基組成，分別是VP1（大約80 kDa）、VP2（大約70 kDa）和VP3（大約60 kDa）[1]。其中，VP2包含VP3的全部序列，VP1包含VP2的全部序列[2]。理論上VP1:VP2:VP3的質量比例為1:1:10。由于三種亞基的序列相似但相對豐度相差較大，三種亞基在常規分離中容易共洗脫，導致VP1和VP2的信號無法正常解析。在實際檢測的過程中，有些AAV樣品中VP1的含量極少，與VP3的比例甚至低于1:1000，導致VP1信號難以檢測。
AAV衣殼蛋白是病毒基因組的保護結構以及細胞內化的媒介。衣殼蛋白的組成是影響病毒感染活性和基因轉導的關鍵因素。對AAV衣殼蛋白分子量、序列覆蓋度和翻譯后修飾的研究有利于闡述不同AAV亞型在感染效率、細胞靶向和組織特異性方面的差異[3]。此外，AAV衣殼蛋白作為基因治療的重要載體，為了確保藥品的安全性和質量，在基因治療產品的整個開發過程中，需要對其結構、性質以及序列組成進行充分的表征和評價。本文以Orbitrap為質量分析器，以AAV5為例，發展AAV的分子量檢測和序列覆蓋度分析方法。
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