thermo離子阱質譜是利用高電場使質譜進樣端的毛細管柱流出的液滴帶電，在氮氣氣流的作用下，液滴溶劑蒸發，表面積縮小，表面電荷密度不斷增加，直至產生的庫侖力與液滴表面張力達到雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復使終的液滴非常細小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入質量分析器。離子阱質譜從液相中產生離子，一般說來，肽段的混合物經過液相色譜分離后，經過偶聯的與在線連接的離子阱質譜分析，給出肽片段的準確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。
thermo離子阱質譜具有高質量精度，提高了復雜樣品中蛋白質鑒定的速度和可靠性，超大程度地降低了假陽性率。超高分辨率使得完整蛋白質的分子量測定和同分子量物質的深入分析成為可能，并獲得可靠分析結果。這些性能確保研究者能以更高的序列覆蓋率、更為可靠地鑒定更多蛋白質。
功能強大：
離子阱有全掃描和選擇離子掃描功能，同時具有離子儲存技術，可以選擇任一質量離子進行碰撞解離，實現二級或多級MSn分析功能。但離子阱的全掃描和選擇離子掃描的靈敏度是相似的。廣泛應用于蛋白質組學和藥物代謝分析。已經出現了很多離子阱質譜與其它分析儀器聯用的技術，如氣相色譜-離子阱質譜聯用儀、FTR-ITMS聯用技術。
主要優勢：
1、S -離子透鏡提高離子傳輸并縮短離子阱填充時間，提高了儀器的靈敏度和數據采集速率；
2、更有效的雙重壓力離子阱，同時增加掃描的速度和質量分辨率；
3、自動增益控制預測功能降低了循環時間，提高了數據采集速率；
4、靈敏度和質量分辨率的改善為低濃度分析物的指認更增信心；
5、綜合性能的提高使復雜樣品中同時進行識別，結構鑒定和定量成為可能；
6、支持升級到提供超高分辨率和出色的質量精度的OrbitrapTM技術。
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