早發現海藻糖的是wiggern。
1858年，Mitsherlich從蘑菇分離得到海藻糖，并取名為蘑菇糖。過去相當長時間內認為海藻糖是一種稀有的糖類，因為它只能從一些隱生植物和蟲繭蜜中提取獲得，其實不然，它廣泛存在于自然界，Elbein總結了各種生物中海藻糖的含量。
近百余種植物、藻類、真菌、酵母、細菌 和昆蟲中都含有一定量的海藻糖。
海藻糖的含量會隨環境條件變化而變化，尤其是不利的脅迫條件。如在發酵過程中使酵母處理“饑餓”狀態，可使海藻糖含量增加15%-16%或更高。對于酵母進行熱休克和乙醇休克處理，也可顯著提高海藻糖含量。
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