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在我國國內一般實驗室都不具備過濾塵埃、防塵的設施，因此微型光纖光譜儀需要進行防塵處理。
當實驗室內需要采用排風機，排除儀器的熱量及工作時產生的有毒氣體時，實驗室與外部就形成壓力差，實驗室產生負壓，室外含有大量灰塵的空氣從門窗的縫隙中流入室內，大量積聚在微型光纖光譜儀的各個部位上，容易造成高壓組件或接頭打火，電路板及接線、插座等短路、漏電等各種各樣的故障，因此，微型光纖光譜儀需要經常進行除塵。特別是計算機、電子控制電路、高頻發生器、顯示器、打印機、磁盤驅動器等，定期拆卸或打開，用小毛刷清掃，并同時使用吸塵器將各個部分的積塵吸除。對光電倍增管負高壓電源線、及計算機顯示器的高壓線及接頭，還要用紗布沾上少許*小心的抹除積炭和灰塵。微型光纖光譜儀的磁盤驅動器及打印機清出灰塵之后，要在機械活動部件滴加少許儀表油。打印機的打印頭還要拆下，微型光纖光譜儀要用軟毛刷刷掃，并用絨布抹凈，防止針孔被紙屑堵塞，然后按照說明書調整一定的打印壓力。
對于儀器除塵，一般由電子，儀修或計算機的專業人員幫助，光譜儀儀器使用或管理人員如不懂電子知識，不了解儀器結構，不要輕易去動，以免發生意外，除塵應事先停機并關掉供電電源下進行。
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