磷主要以磷酸鹽形式貯存于沉積物中，以磷酸鹽溶液形式被植物吸收。但土壤中的磷酸根在堿性環境中易與鈣結合，酸性環境中易與鐵、鋁結合，都形成難以溶解的磷酸鹽，植物不能利用。而且磷酸鹽易被徑流攜帶而沉積于海底。磷質離開生物圈即不易返回，除非有地質變動或生物搬運。因此磷的循環是不完善的。磷與氮、硫不同，在生物體內和環境中都以磷酸根的形式存在，因此其不同價態的轉化都無需微生物參與，是比較簡單的生物地球化學循環。

磷是生命必需的元素，又是易于流失而不易返回的元素，因此很受重視。據觀察，某些含磷廢物排入水體后竟引致藻類暴發性生長，這說明自然界中可利用的磷質已相當缺乏。巖石風化逐漸釋放的磷質遠不敷人類的需要，而且磷質在地表的分布很不均勻。目前開采的磷肥主要來自地表的磷酸鹽沉積物，因此應該合理開采和節約使用。同時應注意保護植被，改造農林業操作方法，避免磷質流失。