菌種培養選育菌種時所處理的細胞應使用單核的，避免使用多核細胞；合理選擇誘變劑的種類和劑量或增加突變位點，以減少分離回復；在誘變處理后進行充分的后培養及分離純化，以保證保藏菌種純萃。這些可有效的防止菌種的退化。
選用合適的培養基
有人發現用老苜蓿根汁培養基培養"5406"抗生菌--細黃鏈霉菌可以防止它的退化。在赤霉菌產生菌--藤倉赤霉的培養基中，加入糖蜜、天門冬素、谷氨酰胺、5-核苷酸或甘露醇等物質時，也有防止菌種退化的效果。也有選取營養相對貧乏的培養基做菌種保藏培養基，如培養基中適當限制容易利用的糖源葡萄糖等的添加，因為變異多半是通過菌株的生長繁殖而產生的，當培養基營養豐富時，菌株會處于旺盛的生長狀態，代謝水平較高，為變異提供了良好的條件，大大提高了菌種培養的退化幾率。
創造良好的培養條件
在實踐中，創造和發現一個適合原種生長的條件可以防止菌種退化，如低溫、干燥、缺氧等。在棲土曲霉3.942的培養中，有人曾用改變培養溫度的措施(從20-30℃提高到33-34℃)來防止它產孢子能力的退化。
控制傳代次數
由于微生物存在著自發突變，而突變都是在繁殖過程中發生而表現出來的。所以應盡量避免不必要的移種和傳代，把必要的傳代降低到zui低水平，以降低自發突發的機率。菌種傳代次數越多，產生突變的幾率就越高，因而菌種發生退化的機會就越多。這要求不論在實驗室還是在實踐上，必須嚴格控制菌種的移種傳代次數，并根據菌種保藏方法的不同，確立恰當的移種傳代的時間間隔。如同時采用斜面保藏和其它的保藏方式(真空凍干保藏、砂土管、液氮保藏等)，以延長菌種保藏時間。