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液相色譜系統主要由貯液瓶、泵、進樣器、柱子、柱溫箱、檢測器、數據處理系統組成。對于整個系統而言，柱子、泵和檢測器是核心部件同時也是易出問題的主要部位。
液相色譜柱常見故障排除方法：
1、若操作過程發現壓力很小，則可能管件連接有漏，注意檢查。當出現錯誤警告(各組件指示燈均為紅色)，一般為漏液，其中一個感應器中已有溶劑，漏液故障排除后，擦干，點擊On line操作界面中的Instrument/System Off，然后再點擊操作界面中的Instrument/System On即可。
2、連接柱子與管線時，應注意擰緊螺絲的力度，過度用力可導致連接螺絲斷裂。柱接頭處易發生漏液，可能情況為接頭Fittings中間的管子未和接口處貼緊。不同廠家的管線及色譜柱頭結構有差異，不要混用，必要時可使用PEEK管及活動接頭;
3、操作過程若發現壓力非常高，則可能管路已堵，應先卸下色譜柱，然后用分段排除法檢查，確定何處堵塞后解決。若是保護柱或色譜柱堵塞，可用小流量流動相或以小流量異丙醇沖洗，還可采用小流量反沖的辦法(新柱不提倡)，若還是無法通暢，則需換柱;
4、運行過程中自動停泵，可能為壓力超過上限或流動相用完;
5、樣品瓶中樣品較少，自動進樣器進樣針無法到達液面，可采用調低進樣針進樣高度的辦法，注意設置時不要使進樣針碰到瓶底，微量樣品分析應使用微量樣品瓶;
6、自動進樣器進樣針未與樣品瓶瓶口對準時，需重新定位。
7、泵壓不穩或流量不準，可能為柱塞桿密封圈問題或seal wash墊圈問題，需更換;
8、基線產生不規則噪聲，可能原因為系統不穩定或沒達到化學平衡(使其平衡，若用離子對試劑，在使用使需要足夠的時間和溶劑體積，色譜柱才能達到足夠的平衡)，流動相被污染(更換流動相，清洗儲液器、過濾器，沖洗并重新平衡系統)，色譜柱被污染(為證明可能的原因更換系統的色譜柱或使用一根同類的被證明性能好的色譜柱)，檢測器不穩定;
9、短期有規則的噪聲，可能原因為泵壓不穩或泵脈沖，調節溶劑不適當(如兩種溶劑的互溶性問題)，泵入口管路松或堵塞，泵太臟，泵柱塞磨損，檢測器不穩定;
10、長期有規則噪聲，可能原因為室溫不穩(未使用柱溫箱)或使用柱溫箱不當;
11、基線漂移，可能原因為系統不穩或沒有達到化學平衡，室溫不穩(未使用柱溫箱)，流動相污染或分解，柱污染，檢測池泄漏，系統泄漏，固定相流失(另選流動相，另選色譜柱)，測定的波長選擇錯誤(對溶劑有吸收)，樣品組分保留太長(用強度合適的溶劑清洗色譜柱)，檢測器不穩定;
12、每次進樣時的保留時間不重復，可能原因為系統不穩或未達到化學平衡，由于氣泡、各部件磨損等原因引起的泵壓或泵脈沖輸液不穩定，進樣體積太大或樣品濃度太高平衡被破壞，溶劑配比不合適，柱被污染;
13、無峰，可能原因為檢測器選擇錯誤，使用錯誤的流動相，樣品降解;
14、色譜峰比預計的小，可能原因為進樣體積錯誤，檢測器燈故障，進樣問題(瓶號錯、進樣體積不合適、進樣錯誤、針頭堵塞);
15、峰變寬，可能原因為進樣體積太大或樣品濃度太高，過濾器、保護柱入口、柱入口或連接管路有部分堵塞，檢測器時間常數設置錯誤，進樣器問題(如閥漏、針頭堵塞或損壞)，柱或保護柱被污染，對流動相來說樣品溶劑太強，使用錯誤的色譜柱，溫度變化;
16、出現雙峰/肩峰，可能原因為保護柱或柱入口部分阻塞，柱或保護柱被污染，柱性能下降，保護柱失效，進樣體積太大或樣品濃度太高(樣品過載)，平衡破壞;
17、前沿峰，可能原因為進樣體積太大或樣品濃度太高(樣品過載)，平衡破壞，對于流動相來說樣品溶劑非極性太強(對于反相柱)，柱或保護柱被污染，柱性能下降，保護柱失效;
18、脫尾峰，可能原因為柱或保護柱被污染，柱性能下降，保護柱失效，進樣器問題(如閥漏等)，檢測器時間常數設置錯誤;
19、出現鬼峰，可能原因為流動相被污染，樣品預處理時產生降解或混入雜質，先前進樣的流出物，樣品定量管清洗不當，注射器臟，柱被污染，進樣裝置被污染，流動相中含有穩定劑/穩定劑變化。水膜和油膜的外殼有標示的。油膜外有寫F型。
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