1、微生物菌種選擇
動物消化道微生物具有多樣性和特異性，不同動物種類對菌種的要求不同，同一菌株用于不同動物，產生的效果差異也較大。使用時一定要掌握菌種的特性和功效，選擇不當起不到應有效果，反而會破壞原有菌群，甚至引發疾病
2、微生物菌種應用時間
微生物制劑應用要從子畜開始使用，以保證有益菌優先定植。因為制劑進入體內后要有一段時間進行微生物菌群調整才能定植下來。
一般認為，乳酸菌類在各種動物的各階段添加均較好，芽孢桿菌類在生長期添加較好，在幼齡期可以添加;曲霉菌類在幼齡期，水產動物全期不必添加;酵母菌類在生長期不必添加;在水產動物養殖中，以改善水質為目的時，可將微生物制劑或光合細菌直接灑于水中。
3、微生物菌種添加方式
一般粉狀飼料添加微生物制劑效果較好，顆粒飼料和膨化飼料在加工過程中的高溫可造成10%~30%的芽孢桿菌，90%以上的腸球菌以及99%以上的酵母失活，而乳酸桿菌幾乎全部被殺滅。因此，在顆粒飼料中要使用耐熱，耐擠壓的芽孢桿菌制劑。乳酸菌不耐高溫，應采用凍干后包被或采用噴霧干燥的方式制成的乳酸菌制劑。使用時采用飲水方式，以利于乳酸菌優先粘附于腸壁。
4、微生物菌種劑量與濃度
微生物制劑中必須含有相當數量的活菌才能達到效果。當進入動物腸道食糜中外源菌數大于1000萬個每克時，都會對腸道內原有菌群產生較大的影響。因此，微生物制劑在產品中活菌數含量為10億~20億每克時效果*。
我國正式批準的微生物制劑中規定每克芽孢桿菌含量要多于5億個。以酵母菌產品為例，目前市場上銷售的產品活菌數從每克幾億到200億不等，在選擇是要認真鑒別。
5、微生物菌種抗生素的影響
細菌類的微生物制劑對抗生素敏感，不宜與抗生素同時使用，使用微生物制劑的前后二天應停止使用抗生素。先用抗菌藥物清理腸道，為益生菌的定植和繁殖掃除障礙，然后再飼喂微生物制劑，可提高使用效果。酵母菌類屬于真核生物，生物學活性與細菌*不同，對抗生素、磺胺類藥物和一些抗菌劑有天然抗性，可與抗生素同時使用。
6、微生物菌種種保存條件和期限
微生物制劑均為活菌制劑，由于大多數菌種在飼料加工、運輸中容易失活，應用中要注意保存期限。通常微生物制劑應密封保存于陰涼避光處，儲存時間不宜過長，有效期一般為一年左右，隨著保存時間的延長，活菌數量不斷減少。厭氧菌類暴露在空氣中容易死亡，有的產品對其進行了包被或真空包裝處理，應在打開包裝后規定的時間內用完。酵母類屬于兼性厭氧菌，可以保存較長時間。芽孢桿菌類有效期比其他類型長，可達2年左右。