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菌落計數器在皮氏培養皿上計算微生物的數目是一件非常耗時的工作。有了菌落計數器這種儀器，用戶就不必為這項復雜的操作費心了，它可廣泛應用在每個生物實驗室中。
菌落計數器基本操作一般包括：樣品的稀釋--傾注平皿--培養48小時--計數報告
1．操作方法：培養到時間后，計數每個平板上的菌落數。可用肉眼觀察，必要時用放大鏡檢查，以防遺漏。在記下各平板的菌落總數后，求出同稀釋度的各平板平均菌落數，計算處原始樣品中每克（或每ml）中的菌落數，進行報告。
2．到達規定培養時間，應立即計數。如果不能立即計數，應將平板放置于0－4℃，但不得超過24h。
3．計數時應選取菌落數在30~300之間的平板（SN標準要求為25~250個菌落），若有二個稀釋度均在30~300之間時，按國家標準方法要求應以二者比值決定，比值小于或等于2取平均數，比值大于2則其較小數字（有的規定不考慮其比值大小，均以平均數報告）。
4．若所有稀釋度均不在計數區間。如均大于300，則取zui高稀釋度的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如均小于30，則以zui低稀釋度的平均菌落數乘稀釋倍數報告之。如菌落數有的大于300，有的又小于30，但均不在30~300之間，則應以zui接近300或30的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如所有稀釋度均無菌落生長，則應按小于1乘以zui低稀釋倍數報告之。有的規定對上述幾種情況計算出的菌落數按估算值報告。
5．不同稀釋度的菌落數應與稀釋倍數成反比（同一稀釋度的二個平板的菌落數應基本接近），即稀釋倍數愈高菌落數愈少，稀釋倍數愈低菌落數愈多。如出現逆反現象，則應視為檢驗中的差錯（有的食品有時可能出現逆反現象，如酸性飲料等），不應作為檢樣計數報告的依據。
6．當平板上有鏈狀菌落生長時，如呈鏈狀生長的菌落之間無任何明顯界限，則應作為一個菌落計，如存在有幾條不同來源的鏈，則每條鏈均應按一個菌落計算，不要把鏈上生長的每一個菌落分開計數。如有片狀菌落生長，該平板一般不宜采用，如片狀菌落不到平板一半，而另一半又分布均勻，則可以半個平板的菌落數乘2代表全平板的菌落數。
7．當計數平板內的菌落數過多（即所有稀釋度均大于300時），但分布很均勻，可取平板的一半或1/4計數。再乘以相應稀釋倍數作為該平板的菌落數。
8．菌落數的報告，按國家標準方法規定菌落數在1~100時，按實有數字報告，如大于100時，則報告前面兩位有效數字，第三位數按四舍五入計算。固體檢樣以克（g）為單位報告，液體檢樣以毫升（ml）為單位報告，表面涂擦則以平方厘米（cm2）報告。
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