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高溫抗原修復因其機理相當復雜，對某些存在的問題不可能用設計對照的方法加以解決。有些抗體在冰凍切片上呈陰性反應，但石蠟切片用抗原修復后卻能很好地顯示。對某些應表達在胞漿或膜上的抗原，經過修復后，絕大部分表達在核內，例如p185、Bcl—2、P-gp和nm23；而有些表達在核內的抗原經過修復會出現在胞漿內，例如p53、PCNA、ki-67和細胞周期素等。因此在使用該方法時一定小心，對結果的判斷也要客觀地作出分析。
某些商品化抗體因自身抗體質量的問題，在石蠟切片上無論用什么方法，抗原怎么修復都無法顯示陽件結果；還有些抗體在陽性對照切片上有陽性結果，或文獻報道應該有陽性結果，或從瑪論上講應該會有陽性結果，但檢測結果為陰性結果。這導致操作者或研究者在抗原修復方式上和抗原修復介質上進行多種嘗試，力圖使該抗原出現在某些部位，結果可能仍然為陰性結果、或陽性很微弱、或假陽性結果（定位不準確，一片淡染陽性結果）。出現上述現象首先應該與廠商，或更換抗體或退貨，否則其結果是不可靠的，其次應從組織的固定和方法的選擇上再認真查找原因。
在20世紀的60年代一80年代，人們在利用生物素—親和素（抗生物）組成的親和細胞化學技術以來，已發現在正常的哺乳類動物和人體細胞內存在內源性生物素，以肝、腎、乳腺和脂肪組織內含量較高，但在人體的皮膚、淋巴結和脾臟冷凍組織中未檢測到內源性生物素。1994年Cauli等發現人體唾液腺導管上皮細胞存在內源性生物素，1997年Rodriguezso—t。等發現甲醛固定、石蠟包埋的腎臟和肝臟組織中沒有內源性生物染色，但該組織用o．01mol／LpH6．0 CB抗原修復后出現了內源性生物素的干擾，表明熱修復可使甲醛固定和石蠟包埋所遮蓋（mask）的內源性生物素重新暴露。國內周小鴿等也已證實在人體幾乎所有的正常組織大量的腫瘤組織和動物組織中存在內源性生物素，尤其是上皮性腫瘤zui明顯。
生物素是一種維生素，相對分子質量為244．3，來自食物和腸道細菌合成，在人體內主要存在于線粒體和細胞質中，它是多種羧化酶的輔酶，參與糖異生和脂肪酸合成反應。因此，代謝旺盛的富含線粒體的細胞，如大多數上皮源性細胞，有較多的內源性生物素顯現。由于大多數腫瘤細胞含有豐富的線粒體，因此，腫瘤細胞易出現內源性生物素陽性反應（假陽性）。這些假陽性反應極易被當作特異性反應看待，從而出現誤判。如果見到胞質中有陽性的棕色顆粒，應考慮到內源性生物素的干擾，并應進一步確證。
消除內源性生物素的zui有效、zui簡單的辦法就是不用ABC、S-P（LsAB）法，改用En—Vision等方法。另一種辦法就是在熱修復后，一抗前或一抗后用20％蛋清（20ml蛋清+gOml蒸餾水）于37℃封閉30min，效果非常理想。
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