ATCC菌種同作物蔬菜的種子一樣，是獲得高產穩產的內在因素和基礎，菌種質量的優劣直接影響到食用菌的產量，甚至關系到栽培的成敗。因此，識別、鑒定菌種的優劣就顯得十分重要。 
一、看
1.看菌種瓶（袋）培養料周圍或表面是否有紅、黃、黑、綠等異常斑點或片塊若存在以上任何一種現象，都說明該菌種已被雜菌侵染（香菇、滑菇等產生色素的品種除外），該菌種不宜再用。
2.看菌種瓶（袋）是否被打開過，瓶（袋）外表有無破損凡已打開過或有破損的菌種都有被雜菌污染的可能，所以這樣的菌種不宜再當菌種使用，只能用于出菇。
3.看菌種瓶（袋）標簽上的日期是否過長菌齡過長的菌絲會由營養生長轉為生殖生長，若再做菌種接入培養基后，菌絲萌發慢，菌絲質量差，抗雜菌能力減弱。菌種中既有發滿瓶（袋）的，又有未發滿瓶（袋）的（在同一次制種的前提下），這是由于制種的先后和裝料的松緊不一致造成的，是允許的，這種情況說明該菌種的時間還不算長，可以挑選早發滿菌絲的瓶（袋）先用。若所有的菌種都已發滿，且發現有的菌絲已長出瓶（袋）口，或有的培養料已失水離開了瓶（袋）壁，或有大量的小籽實體出現，都說明該菌種的菌齡已過長，不宜再作ATCC菌種使用。菌種瓶（袋）中的培養料尚未發滿菌絲，但已出菇的菌種也不宜再作菌種用。這種菌種多是由于將母種無限度地轉管或將原種當母種、種當原種轉瓶（或袋）造成的，此情況下的菌種由于菌絲生活力弱，吃料慢，周期長，若繼續當菌種使用則會嚴重影響成品菇的產量和質量。
4.看菌種的茵絲是否潔白、粗壯菌絲粗壯、潔白、濃密，且培養料的顏色由深變淺者為優良菌種；菌絲稀疏，上稀下密或上密下疏的菌種均屬不正常情況，不宜再當菌種使用。需要特別說明的一點是：食用菌中不同種類的菌種在外觀上也有差異，各有自己的特點，如：香菇菌絲常有褐色色素產生，氣生菌絲較少；平菇氣生菌絲則異常繁茂，常能充滿容器；滑菇菌絲潔白度差，常有黃褐色色素。所以在選用菌種時應區別情況分別對待。
二、試
1.袋裝的菌種可以在袋外面捏一捏，良好的菌種裝得松緊適中，較軟、疏松且易碎的則為劣次菌種。
2.玻璃瓶裝的菌種可隨便開啟一瓶，用攝子或其他硬棒挑碎培養料塊，并適當攪拌培養料塊，易碎者為劣次菌種；較硬且碎屑少者為優良菌種。
3.無論袋裝還是瓶裝的菌種，還可以直接用手來斷定菌種的優劣優良的菌種用手指按壓菌塊時富有彈性，用手掰成小塊時掉下來的碎末少，培養塊斷面菌絲明顯可見。相反，若菌塊無彈性，挖出的菌種不成塊狀，松散、碎屑多，則為劣次菌種，不能用于。
三、聞
在購買菌種時，可打開幾瓶聞一下，正常的ATCC菌種應具有該菌種（菌株）的特殊香味，若有霉味、酸味、臭味或其他異味的菌種均屬不正常范圍，說明該菌種已被其他雜菌感染，不能再當菌種使用。