（1）酵母人工染色體克隆體系（YAC）

這種克隆體系是20世紀80年代末發展起來的，并于1990年底漸趨完善的大片段外源DNA克隆體系。插入YAC載體的外源DNA片段可達200  l 000kb甚至更多，并能穩定復制。現在YAC已成為構建復雜基因組的有力手段。

（2）黏粒克隆，n噬菌體和細菌人工染色體

黏粒克隆的出現早于YAC，其主要特點是插入的外源片段比入噬菌體DNA大得多。因此在篩選基因文庫時可以減少一半工作量。P1噬菌體的溶源狀態奇特，不整合到宿主的染色體上，像質粒一樣作為一個自主復制單位游離于宿主染色體以外。可以用于克隆75—110kb的外源DNA片段。電穿孔技術的發展為提高大質粒的轉化效率創造了條件，已經可以構建和轉化幾十到幾百kb的細菌人工染色體克隆（BAC）。

（3）構建重疊度zui低的連續克隆系

構建能覆蓋每條人類染色體而重疊度又zui小的連續克隆系，是進行大規模基因組DNA測序的基本條件。由于這一做法很花時間，當測序中心將大規模測序計劃上升至每年75Mb或更多時，連續克隆系的構建速度可能跟不上測序產出的速度。1996年，有人提議對高覆蓋率的BAC文庫的克隆進行末端測序，形成順序標簽接頭（sequencetaggedconnector，STC），利用STC與克隆間的對應關系，可以在計算機上快速地發現局部連續克隆系。