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正相、反相分析用的樣品基本都可按照以下方法配制：
基本原則：
1、樣品先在流動相中溶解，經過0.4~0.5μ的過濾器過濾后，注入10~50μL。樣品在流動相中溶解后，Vo附近受到溶劑峰影響非常小，所以對分析在Vo附近洗脫的樣品非常有利。(當色譜柱的尺寸是4.6mmI.D. x 150 ~250 mm L)
2、請避免過載
過載的判斷方法 注入容量一定，把樣品濃度稀釋10~100倍來分析，或者樣品濃度一定，把注入量減少到5分之一來分析的時候，如果峰型比以前的實驗有所改善，有可能就是樣品濃度或者注入容量的過載。
3、標準樣品的注入量應該和實際樣品的注入量相等。如果不相等的話可能會造成洗脫時間的差異。但是，標準樣品的檢定圖譜沒有問題也不能保證實際樣品分析過程中不產生問題。雖然過載可能是產生問題的原因，但是主要還是因為把樣品溶解在不正確的流動相中。
故障：
(a) 形成前延峰或拖尾峰
(b) 洗脫時間改變
(c) 形成裂峰
(d) 形成寬峰
(如果寬峰太寬以致無法識別，可能會被誤認為是基線混亂)
(e) 色譜柱壓力上升
(f) 上述的故障只有特定的樣品會產生
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