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反射光譜測量：通常使用顯微鏡自帶的鹵素燈作為照明光源，通過顯微鏡中的上反射光路照射在物體上（科勒照明），經由物體反射后進入接收光纖，利用微型光譜儀對接收到的反射光進行采譜及分析。
透射光譜測量：通常使用顯微鏡自帶的鹵素燈作為光源，通過顯微鏡下面的透射光路照射到物體，光線透過物體后到達接收光纖，利用微型光譜儀對接收到的透射光進行采譜及分析。
熒光光譜測量：將外界激光光源通過光纖或熒光探頭，經由光路切換器耦合進入顯微鏡系統，并聚焦于物體面，實現對物體的熒光激發。而后，通過對被激發點所返回的光進行過濾（濾去激發激光），使得進入接收光纖的光只保留所需的熒光信息，利用微型光譜儀對接收到的熒光進行采譜及分析。
拉曼光譜測量：將外界激光光源 （波長為532nm 或 785nm）通過拉曼探頭，經由光路切換器耦合進入顯微鏡系統，并聚焦于物體面，實現對物體的拉曼激發。而后，通過對被激發點所返回的光進行過濾（濾去激發激光），使得進入接收光纖的光只保留所需的拉曼以及熒光信息，利用微型光譜儀對接收到的拉曼光及熒光進行采譜及分析。
透射光譜測量：通常使用顯微鏡自帶的鹵素燈作為光源，通過顯微鏡下面的透射光路照射到物體，光線透過物體后到達接收光纖，利用微型光譜儀對接收到的透射光進行采譜及分析。
熒光光譜測量：將外界激光光源通過光纖或熒光探頭，經由光路切換器耦合進入顯微鏡系統，并聚焦于物體面，實現對物體的熒光激發。而后，通過對被激發點所返回的光進行過濾（濾去激發激光），使得進入接收光纖的光只保留所需的熒光信息，利用微型光譜儀對接收到的熒光進行采譜及分析。
拉曼光譜測量：將外界激光光源 （波長為532nm 或 785nm）通過拉曼探頭，經由光路切換器耦合進入顯微鏡系統，并聚焦于物體面，實現對物體的拉曼激發。而后，通過對被激發點所返回的光進行過濾（濾去激發激光），使得進入接收光纖的光只保留所需的拉曼以及熒光信息，利用微型光譜儀對接收到的拉曼光及熒光進行采譜及分析。
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