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氣相色譜質譜聯用儀廣泛應用于環保行業、電子行業、紡織品行業、石油化工、香精香料行業、醫藥行業、農業及食品安全等領域；環境中有機污染物分析（空氣、水質、土壤中污染分析）；農殘、獸殘、藥殘分析；香精香料香氣成分分析；紡織品行業中的有害物質檢測。
氣相色譜的流動相為惰性氣體，氣-固色譜法中以表面積大且具有一定活性的吸附劑作為固定相。當多組分的混合樣品進入色譜柱后，由于吸附劑對每個組分的吸附力不同，經過一定時間后，各組分在色譜柱中的運行速度也就不同。吸附力弱的組分容易被解吸下來，先離開色譜柱進入檢測器，而吸附力強的組分不容易被解吸下來，因此后離開色譜柱。如此，各組分得以在色譜柱中彼此分離，順序進入檢測器中被檢測、記錄下來。
質譜分析是一種測量離子荷質比（電荷-質量比）的分析方法，其基本原理是使試樣中各組分在離子源中發生電離，生成不同荷質比的帶正電荷的離子，經加速電場的作用，形成離子束，進入質量分析器。在質量分析器中，再利用電場和磁場使發生相反的速度色散，將它們分別聚焦而得到質譜圖，從而確定其質量。
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