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為了使檢測結果更趨合理，用戶必須嚴格按照農殘速測儀的操作程序來使用，如果錯誤操作將會出現報警提示。其具體步驟如下：
1、接通電源 儀器右側開關撥至“開”的狀態，打開上蓋，等儀器自檢程序完成(約5-8秒)，按“START”預熱，此時LED屏幕顯示當前正在上升的溫度。當達到設定溫度TEMP(39℃)時，蜂鳴器發出“嗶”的一聲提示音，屏幕顯示TIME1，預熱結束，按下START，即可開始TIME1（10分鐘）。
2、將速測卡沿中線對折，揭去速測卡保護膜，插入速測卡，此時紅色藥片向上，白色藥片置于加熱器上。然后在白色藥片上滴兩滴提取液。
3、再按“START”鍵，開始次TIME1(10分鐘)，在此段，上蓋應在開的狀態。若操作合蓋蜂鳴器會發出連續鳴音，同時屏幕顯示“OPEn”字樣(TIME1處于暫停狀態)直到操作者打開上蓋恢復正常工作狀態蜂鳴器停止鳴叫。
4、當TIME1完成后，蜂鳴器發出鳴叫音 (5分鐘內均有提示音)，屏幕顯示“CLOS”，提示合上前蓋進入TIME2(3分鐘)。若提示合上前蓋，5分鐘后還未合蓋，屏幕顯示“OFF”電腦提示關機，試紙作廢。此時如果要重新工作，必須將儀器右側開關撥至“關”的狀態，然后再由“關”的狀態撥為“開”重新開始一輪測試。
5、當聽到六聲“嗶、嗶”音，第二結束，也即本次操作結束，打開上蓋測量試紙顏色變化。試紙顯示藍色為陰性(無毒)，淺藍色為弱陽性，白色為陽性(有毒)，測試完畢向上取下試紙，可以開始進行下一次測試。
6、提取液：取表面干凈的果蔬5克，用剪刀剪成1cm大小，放入燒杯中，加入10毫升純凈水，用玻璃棒攪動(每個樣品需要更換一次玻璃棒，或用純凈水洗三次，再使用)菜葉與水充分接觸。每批好做11個樣，同時做一個純凈水的對照。每剪成一個樣品，剪刀要洗凈后方可處理另一個樣品，以免互相污染，影響測試結果。
7、農藥速測卡結果判定。與對照卡比較，白色藥片不變色或略有淺藍色均為陽性結果，不變藍為強陽性結果，說明農藥殘留量較高。顯淺藍色為弱陽性結果，說明農藥殘留量相對較低。白色藥片變為天藍色或與對照卡相同，為陰性結果。
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