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氣相色譜儀的常見故障排除方法有以下幾點：
1、分離不*
(1)幾個峰重疊，分離不開。處理方法：降低載氣流速.減少進樣量，降低柱溫。對于原來能*分離一段時間后便不能*分離的，表明固定液已流失，色譜柱壽命已終，需要更換固定液。
(2)分離時間太長使晚餾出的峰平。處理方法：可以通過提高柱溫來解決。
(3)檢測器靈敏度太低，使含量少的組分檢測不出來。處理方法：可以通進樣量，提高檢測器靈敏度來解決。
2、峰形不規則
(1)出現拖尾峰。處理方法：采用強極性固定液，消除擔體活性以及提高柱溫來解決。
(2)出現平頂形或峰。處理方法：通過減少進樣量、提高柱溫和載氣流速來解決。另外當放大器輸入飽和時也會形成平。
3、檢測器造成的影響
以TCD為例熱導檢測器TCD利用載氣和被測氣體的熱導率不同，檢測橋路中產生的不平衡電壓與被測組分濃度成正比，以實現被測組分的測量。
(1)TCD檢測器被污染基線漂移或出現階型基線，并可能出現高噪音。
(2)TCD熱阻絲被燒斷，基線降為零點。
(3)TCD電源供應不穩定，出脈沖干擾峰。
4、載氣的影響
載氣攜帶分析樣品流過固定相，分離后的氣體隨時間先后逐一被載氣攜帶出色譜柱，送往檢測部分檢測。載氣的流量、載氣的性質及載氣壓力的影響等操作條件會影響色譜分離效能。
(1)量偏低，會引起保留時間增長，靈敏度降低或出現圓、拖尾峰。
(2)載氣流量偏高，會引起高噪音或組分分離不載氣控制不穩，造成不規則基線漂移或波狀基線漂移。
以上情況應檢查減壓閥是否超過使用范圍，必要時應更換減壓閥，然后再檢查載氣是否存在漏氣等。
5、電路問題
電路故障一般較容易判斷，如電源不啟動，檢測器、進樣口不加熱，恒溫箱不能恒溫等。若基線出現正弦波，則是由于放大電路故障引起；處理方法一般更換損壞的電子元件。
其他在日常分析中還會碰到上述不曾討論的問題，如氫焰檢測器點不著火，首先要確定是否已開氫氣和空后確認點火線圈是否好用，若這3個條件都具備還是點不著火，則可能是檢測器與色譜柱接頭處漏氣；對于出現倒峰的況可能是主機或處理機的極性接反了，遇到這種情況，可先檢查儀器的極性；對出現進樣量與積分面積不符的情可能把輸出信號線連接錯了。
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