ATCC菌種采用遺傳育種的方法，使野生型菌株(從自然界分離篩選而得的出發菌株)的遺傳因子DNA發生突變、重組，從而從中選出產量高、成品質量好或具有新的培養特性如耐產物抑制、能利用廉價原料以及具有新品種能力的優良菌種。
采用的方法有誘變育種、雜交育種、細胞融合技術和重組DNA技術。
誘變育種是利用誘變因子如紫外線、鈷－60、乙烯亞胺類等物理或化學誘變劑處理菌株的單孢子懸浮液，以獲得誘發突變株。隨后進行突變株的篩選，從中篩選高產菌株。由于隨機的突變群體中，有益突變所占比例很低，要獲得高產突變株必須進行大量篩選。近年來，隨著發酵代謝控制研究的發展,可根據生物合成途徑中的反應點,并通過它們的改變以提高產率或其他特性，如選育抗產物反饋抑制的突變株、增加細胞透性的突變株及營養缺陷型的突變株等。這種“理性篩選法”廣泛應用于氨基酸產生菌的選育。
ATCC菌種的分離有組織分離、孢子分離及基質內菌絲分離三種方法。基質內菌絲分離因易污染較少采用。ATCC菌種法多在研究及菌株復壯時采用。規模時采用的是子實體菌絲分離法，該法操作簡便，且能保持原有菌株的優良品性。

 磷酸化低密度脂蛋白受體相關蛋白6IgG 人抗流行性出血熱病毒IgM (EHF) 

 磷酸化端粒酶結合蛋白P23IgG 人抗磷脂酰絲氨酸(APSA) 

 磷酸化多聚合苷酸激酶3磷酸化酶IgG 人抗磷脂(Apl/APA)

 磷酸化翻譯控制腫瘤蛋白IgG 人抗磷壁酸(TA) 

 磷酸化泛素連接酶NEDD4-2IgG 人抗淋巴球蛋白(ALG) 

 磷酸化非受體酪氨酸蛋白激酶2IgG 人抗淋巴毒(ALA/LCA) 

 磷酸化非受體型酪氨酸蛋白激酶IgG 人抗鏈球菌溶血素O/抗O(ASO)

 磷酸化非受體型酪氨酸蛋白激酶IgG 人抗利尿激素/血管加壓素/精氨酸加壓素(ADH/VP/AVP)

 磷酸化非受體型酪氨酸蛋白激酶Tnk1IgG 人抗類固醇生成(SCA) 
ATCC菌種