微生物菌種挑選與處理：菌種在使用前一定要進行挑選及處理，這點非常重要，也是廣大食用菌栽培者zui易忽視的問題。
    實踐中發現，發菌期間有成片菌棒兩頭接種處有雜菌感染。這種情況十有八九問題出在菌種上。有時在接種過程中發現菌種有雜菌，趕緊采取措施也為時已晚。 所以我們要求菌種在使用前要有專人認真挑選。挑選人員一定要有多年菌種經驗，在光線較好的地方進行。菌種在使用前要進行處理，因在菌種培養過程中（大 約30天），菌種表面會有一層灰塵，而雜菌孢子會附著在灰塵上。一般來講，規模化的種植戶，培養室內雜菌孢子濃度較一般房間高，特別是用塑料袋為菌種 容器，更是如此。因為菌種袋的破口處很容易感染雜菌，大量雜菌孢子會從破口處飛散到整個菌種培養室。    
    微生物菌種處理的方法是：先用0.5-1%甲醛水洗去菌種表面的灰塵，再將菌種浸入3%來蘇爾溶液中幾秒鐘撈出即可。

酪丁酸梭菌ATCC 25755

缺陷短波單胞菌ATCC 19146

放射性根瘤菌ATCC 15955

休哈塔假絲酵母ATCC 34887

巨大芽孢桿菌ATCC 14581

串珠鐮孢 ATCC 52539

串珠鐮孢  ATCC 38946

青春雙歧桿菌ATCC 15703

耐放射異常球菌ATCC 13939

蛾微桿菌  ATCC 8365

樹狀微桿菌ATCC 4358

變異鏈球菌ATCC 25175

乙酸鈣不動桿菌ATCC 23055

變異鏈球菌ATCC 25175

土壤伯克氏菌DSMZ 18235
微生物菌種