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單系統全自動離子色譜儀非常廣泛，離子色譜儀的工作過程是：輸液泵將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送至分析體系，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中各組分被分離，并依次隨流動相流至檢測器，單系統全自動離子色譜儀則在電導檢測器之前增加一個抑制系統，即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑制器，在抑制器中，流動相的背景電導被降低，然后將流出物導入電導檢測池，檢測到的信號送至數據系統記錄、處理或保存。
單系統全自動離子色譜儀的抑制系統，對于抑制型(雙柱型)離子色譜系統，抑制系統是重要的一個部分，也是離子色譜有別于液相色譜的較重要特點。離子色譜的分離系統，分離系統是離子色譜的核心和基礎。離子色譜儀的“心臟”，要求它柱效高，選擇性好，分析速度快等。離子色譜是一種液固色譜，為液相色譜的一種，但柱填料和分離機理有其自身特點，離子色譜柱的研究也是離子色譜領域的一個熱門課題。離子色譜柱填料的粒度一般在5～25μm之間，比液相色譜的柱填料略大，因此其壓力比液相色譜的要小，一般為單分散，而且呈球狀。
單系統全自動離子色譜儀的分離過程,在色譜柱中,填充了無數的離子交換劑作為離子分離的固定相,固定相上吸附了很多陽離子.充滿色譜柱的流動相為某種鹽的溶液,在沒有樣品進入時,薄層層析板流動相中的陰離子和固定相的陽離子保持平衡.樣品中含有兩種待分離陰離子,比表面積測定儀基中體積較大的A與固定相的正電荷作用力較大,而體積較小的B作用力小.在樣品進入色譜柱后,陰離子A、B與流動相陰離子一同前進，三種離子不斷的交替占據與固定相陽離子相吸的位置,樣品陰離子A與正電荷的作用力較大因而移動較慢,固相萃取而B移動較快,從而實現了分離.單系統全自動離子色譜儀是液相色譜儀的一種,其有別于傳統離子交換色譜柱色譜的主要是樹脂具有很高的交聯度和較低的交換容量，進樣體積很小，用柱塞泵輸送淋洗液通常對淋出液進行在線自動連續電導檢測.
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