化學免疫發光分析儀的系統誤差包括分析前、分析中和分析后等各個環節的誤差，其質量控制的關鍵在于將各個環節的誤差控制在允許的范圍內。因化學免疫發光分析儀方法和所檢測的項目有其特殊性，所以每個環節的質量控制與其他檢測方法和項目也不全相同。
　　一、分析前的質量控制
　　全自動化學免疫發光分析儀的廣泛應用，使實驗室檢查開始進入儀器分析時代，既然各種實驗室檢查都由儀器取代了人工檢查，那么儀器分析前的各項工作在質量控制過程中就顯得尤為重要。而儀器分析前的工作必須是由人完成的，其操作程序和傳統的實驗室工作程序是相同的，比起自動化時代，這看似極其簡單，所以工作人員特別容易忽視。然而實踐證明，化學免疫發光分析儀分析前這一階段的工作是容易出現過失誤差也是過失誤差出現多的環節。例如：標本張冠李戴、標本采集錯誤、標本上機前血清纖維蛋白未*析出、標本性質未注明等。為做好分析前質量控制，我們嚴格按以下幾方面進行工作：宣傳解釋服務、加強培訓，減少樣品采集過程中的誤差，加強檢驗人員培訓，掌握正確的采集、收集、保存方法，采集血清和血漿時，避免混入其他物質，標本保存時間和樣本周轉時間要控制好。
　　二、分析中的質量控制
　　化學免疫發光分析儀維護與保養：儀器正常運轉是確保檢驗質量的前提條件，而且日常保養是保證儀器正常運轉的關鍵。標準曲線的校正：儀器是否處于好狀態，關系到檢驗結果能否達到規定準確度。質控品及質控方法：儀器經過校正曲線校正后，并不表示檢測結果就肯定在允許的誤差范圍內，這就必須有一可靠的室內質量控制系統加以監控，以檢驗校正曲線所檢測的實驗結果是否準確并檢驗其精密度。標本上機時間及標本量問題：控制標本上機時間必須按照儀器加樣速度，保證儀器加樣中心的標本在猿澡內加樣完畢，避免標本因蒸發而濃縮。及時處理儀器報警和結果提示
　　三、化學免疫發光分析儀分析后的質量控制分析檢測結果
　　按照質控值繪制質控圖，用傳統的質控方法對質控結果加以分析，以確定該檢測結果是否有效。若發現某一檢查項目質控失控，必須對結果進行復核，必要時更換試劑或重新定標。異常結果可能由于不明原因的偶然誤差所致，這就要求工作人員根據自己的實踐經驗判斷不符合規律的結果，并對結果加以復核。