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二手定量PCR儀，由熒光定量系統和計算機組成，用來監測循環過程的熒光。與實時設備相連的計算機收集熒光數據。數據通過開發的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數據被繪制成熒光強度相對于循環數的圖表。原始數據收集后可以開始分析。二手定量PCR儀的軟件能使收集到的數據進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。正常化后可以設定域值水平，這就是分析熒光數據的水平。
現在的二手定量PCR儀大都是用半導體制冷片來控制溫度的，其通電后一面熱另一面冷，反向電極則熱冷面反向。半導體制冷片雖然是工業化生產，都幾乎都是手工的生產的，因此每一片都有差別，大的生產商會根據用戶的需要進行配對，如一臺二手PCR儀要三片就三片配成大致相同的阻值。阻值一般是廠家寫在每片制冷片上的（自己用萬用表是量不準的，因為一通電其溫度就變化，阻值就會改變）。
因此半導體片的質量會影響PCR儀的均勻性。一般大的生產廠家出廠時問題不大，但使用一段時間后，半導體片的性能會下降，但下降程度并不一致，則溫度差別就表現出來了。
普通的PCR儀：把一次二手PCR儀擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，叫傳統的PCR儀，也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運行。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。該儀器主要應用于科研研究，教學，醫學臨床，檢驗檢疫等機構。
梯度PCR儀：把一次性pcr擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件，通常12種溫度梯度，這樣的儀器就叫梯度PCR儀。因為被擴增的不同DNA片段，其zui適退火溫度不同，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增，就可以篩選出表達量高的zui適退火溫度，進行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣節約成本的同時也節約了時間。主要用于科研，教學機構。梯度PCR儀，在不設置梯度的情況下也可以做普通二手PCR儀擴增。
一般二手定量PCR儀都是多片半導體，普通維修會只更換其中一片，這樣就會造成新的跑得快，舊的跑得慢，溫度差別就大了。如果每片半導體片下面都有各自的溫度傳感器，則可以補償一些，如果是像AB的低端型號2720，4片半導體片只有一個溫度傳感器，則問題大了。當然更換半導體片后的裝配也是技術性很強的活，不經過嚴格的培訓是做不到家的。這也是為什么大廠一般不在現場維修，而是要返廠，并且是一次性更換一套半導體片，因此成本較高。
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