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（1）制備色譜的目的
制備色譜的目的，是以較低的成本從混合物中得到純凈物。制備色譜要爭取少用填料，少用溶劑，盡可能多的拿到產品。而分析色譜的目的，是對樣品進行定性或含量。因而，制備色譜的進樣里比較大，柱子的分離負荷的加大。而為了保證組分*分離，增加制備色譜的柱子直徑和柱子長度也就是必然。
（2）樣品的前處理：
因為色譜填料的價格相對來說，比較貴。由于不可逆吸附等原因，制備色譜柱子由于處理的樣品多，壽命較短。在工藝的安排上， 要盡量把色譜分離操作放到后面；在色譜柱之前，要加預柱以延長色譜填料的壽命。
（3）制備色譜柱的材質
以前因為條件限制，用玻璃柱子做層析。玻璃除了易碎外，當壓力增大的時候，密封就是較大的問題。
有機玻璃的柱子在密封和抗壓方面有優勢，但是有機玻璃應對有機溶劑時，穩定性不是很好。
不銹鋼柱子具有良好的耐腐蝕、抗壓力性能，雖然價格稍微貴點，但越來越受歡迎。 當然，玻璃和有機玻璃的有機玻璃柱子也能抗壓力耐腐蝕，相對不銹鋼柱子而言，它是半透明的，可以看到液體的運行狀態，對有色的物質其特點就更為突出，但現在多數的化學物質往往是無色的。
（4）固定相的選擇
硅膠、鍵合固定相（如C18）、離子交換樹脂 、聚酰胺、 氧化鋁、 凝膠等都可以作為色譜柱的填料。
對于同一種固定相來說，粒徑和孔徑是為重要的參數。粒徑越小，價格越高。一般制備色譜，高精度的分離推薦的填料為10um,低精度的分離可以采用20-45um的填料。
（5）裝柱方法的選擇
一般來說，采用濕法裝填的效果較好。所謂“敲擊－裝填”技術只適合于粒徑大于25um的固定相。一般推薦由專業的色譜商代為濕法裝填，以保證分離效果。在柱子填完后，應有柱效的測量，對柱效低的柱子應該重填。
（6）流動相的選擇
一般來說，制備色譜的溶劑要回收。①盡量不采用高毒性溶劑（如乙腈），而采用乙醇、甲醇。②對多元溶劑要盡可能的少用。比如說乙醇、水、乙腈三元溶液，回收會變得復雜而困難。③ 盡量不要加入鹽等不揮發組分，比如說，一般用氨水而不用氫氧化鈉。用醋酸而不用鹽酸。④在制備中，為了降低成本，往往用分析純溶劑，甚至是醫藥純和工業純。 在使用醫藥純和工業純，往往要用硅膠柱對溶劑過濾下，以減少熱敏反應以及降低溶劑對泵和昂貴填料的影響。
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