流式抗體選擇六步曲
特異性靶蛋白：確定要檢測目的細胞特異性靶蛋白。
種屬：嚴格按照待測樣本種屬選擇抗體。
應用領域：可用于流式實驗，說明書中明確標注經FCM實驗測試，有實驗數據圖和用量說明；若還可做熒光染色等多用途則更佳。
抗體克隆號：同一抗體多個克隆號的情況下，可以選擇熒光標記種類多的那個克隆；若文獻中有被引用，首先選擇被引用的抗體克隆號。
盡量選擇直接標記的抗體：直接標記抗體是指熒光素標記的單克隆或多克隆一抗，一步染色，操作方便，影響因素少，結果準確。
同型對照：與一抗的來源，Ig分型和標記*一致，使用時與一抗相同的濃度。

標記方法的選擇——直標or間標(Biotin)根據抗原表達豐度來選擇：
直標抗體(一步法)：待測抗原表達豐度高的盡量選擇直標抗體。
間標抗體：待測抗原表達豐度低的要考慮選擇間接標記抗體（無熒光一抗 + 熒光二抗——兩步法）或生物素標記抗體（無熒光一抗 + 生物素標記二抗 + 熒光標記鏈霉親和素——三步法）。
熒光抗體的選擇：
1、確定流式細胞儀的參數配置
在設計流式方案前，根據可能需要同時檢測指標的多少數量，先確定需要在哪臺流式細胞儀檢測，對該儀器的參數配置，要了解以下幾個方面信息：
激光器：常見的流式細胞儀有355nm、488nm和640nm三個激光器，但有些機器在購買時因某些原因，只裝了一個488nm激光器，所以需要注意型號相同的機器也未必激光配置相同。
濾光片：也就是有幾個檢測通道，這決定了你多可以同時檢測幾個指標。
儀器的具體型號：有助于再次確定檢測通道。因為同一個熒光在不同的流式細胞儀上檢測，有時候檢測通道也是不一樣的。
流式細胞儀中常用的熒光染料光學特征以及需要的激光器

2、熒光的選擇建議
熒光本身有強弱之分，可視抗原表達強弱及分群情況選擇合適的熒光。抗原表達弱或分群不明顯的建議選擇強熒光例如：PE、APC；反之，抗原表達強或分群明顯的建議選擇常用的弱熒光例如FITC。
常用熒光強弱排序程度為：PE>APC>PE-Cy5>PerCP-Cy5.5>FITC。
類似熒光的取代：Alexa Fluor、eFluor等這些熒光非常明亮，對激光穩定性好，對PH 值不敏感，具有水溶性。如Alexa Fluor488與FITC檢測通道相同，但是熒光強度和光敏感上，前者明顯優于后者，因此可以用Alexa Fluor488取代FITC。