低聚果糖主要有以下6個方面的作用：

1.防治腹泄和便秘。 低聚果糖的屬性與作用機理 低聚果糖是一種水溶性膳食纖維，長期服用可以降低血清膽固醇，改善脂質代謝，經動物和人體實驗證實。

2.低聚果糖是一種優良的水溶性膳食纖維，能有效降低血清膽固醇、甘油三脂、游離脂肪酸的數量，對于因血脂高而引起的高血壓、動脈硬化等一系列心血管疾病有較好的改善作用。

3.低熱能值，由于低聚果糖不能被人體直接消化吸收，只能被腸道細菌吸收利用，故其熱值低，不會導致肥胖，間接也有減肥作用。對糖尿病患者來說也是一種良好的甜味劑。

4.低聚果糖可以促進生長發育和防止骨質疏松癥。同時還可促進維生素B1、B2、B3、B6、B12及葉酸的自然形成，從而提高人體新陳代謝水平，提高免疫力和抗病力。預防及改善由于體內毒而引起的皮膚性疾病，可防止面瘡、黑斑、雀斑，青春痘、老人斑，使皮膚亮麗、老化減緩。

5.減少毒性代謝物（如吲哚、亞硝基氨）的生成，同時迅速將毒性代謝物排出體外，減輕肝臟負擔，起到保護肝臟的作用，預防各種慢性病、癌癥等作用明顯，低聚果糖極少會被消化道中的胃酸和酶分解，極難被人體吸收。

6.由于其不能被口腔細菌(指突變鏈球菌Smutans)利用，因而具有防齲齒作用。