氣相色譜儀的使用前需要對其進樣方式進行選擇，在選擇氣相色譜儀進樣方式時，應充分考慮分析準確性、實用性、經濟性的原則，要選擇有性價比的產品方式，如果被測組分的性質：如熱不穩定、易分解、易催化反應的樣品，要考慮時間、溫度、壓力等變化是否會引起被測樣品組分的變化，可考慮冷柱上進樣或手動進樣，后者亦選擇自動進樣器方式，但是都要用針尖很細的進樣器，分析儀器色譜工程師認為，可從以下幾個方面考慮。
　　一、色譜分析樣品的性質
　　1.樣品的組分和狀態：可能為氣態、液態、固態、或是混合態、要考慮是否能夠直接用氣相色譜儀分析。對于常規的氣態、液態樣品，能夠直接進行分析的，可選用微量手動進樣器、液體自動進樣器或者閥進樣器系統；如對分析結果要求高時的，氣態樣品可選擇氣體閥進樣；如果對裝備中的在線液體進樣，可選擇液體閥進樣器；測定固態或者混合態樣品中的揮發性組分，可根據實驗室條件和實驗目的，選擇頂空進樣器或者吹掃捕集進樣系統。
　　2.被測組分的性質：如熱不穩定、易分解、易催化反應的樣品，要考慮時間、溫度、壓力等變化是否會引起被測樣品組分的變化，可考慮冷柱上進樣，可選擇手動進樣后者自動進樣方式，但是都要用針尖很細的進樣器。
　　3.樣品中的雜質：是否有煙塵、懸浮物、高沸點組分或腐蝕性成分等，如有，要考慮樣品的來源，并進行前處理，可選擇能進行樣品前處理的進樣系統如固相微萃取進行系統、吹掃捕集進樣系統，或者頂空進樣系統等。
　　4.樣品來源是否容易：如可消耗的樣品組分多，將有利于選擇進樣方式。
　　二、色譜分析樣品的目的
　　1.定性分析：要考慮被分析組分是否已知，有無標準樣品，對進樣系統要求高不高。
　　2.定量分析：在哪個定量范圍，如常量、半微量、微量還是痕量或者超痕量。如是痕量或超痕量等對定量要求高的，則要選擇進樣準確且干擾因素少的進樣方式。如氣體進樣可選擇氣體閥進樣系統。
　　3.定量精密度和結果的準確度：若是定義要求就簡單得多。