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冷凍干燥技術用途十分廣泛包括：
1)實驗室：用凍干的方法來保存生物標本、菌種等。此外，凍干被用于準備用做結構研究(例如電鏡研究)的組織樣品，冷凍干燥也應用于化學分析中，它能得到干燥態的樣品，或者濃縮樣品以增加化析敏感度。在實驗室中一般以臺式和小型 干燥機 為主。
2)制藥行業：一些制藥廠用凍干的方法來生產抗菌素、疫苗、血清和各種生物藥品。在生產中只要使用大型冷凍 干燥機 。
3)食品行業：用凍干的方法生產食品，主要品種有：蘑菇、大蒜、蔬菜、牛肉、海產品、咖啡等等。也是主要使用大型冷凍 干燥機 。
4)其他：凍干產品生產幾乎包羅萬象，諸如各種飲料、調料、快餐食品、小食品、保健食品、水產、肉蛋、食用菌、酶制劑、藻類等等
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