紅外顯微鏡是一種利用波長在800nm到20μm范圍內的紅外光作為像的形成者，用來觀察某些不透明物體的顯微鏡。用于像轉換器有兩種類型，另一種是“固體”類型，它是由一個光電導體層和一個電子發光層所組成，這兩者被夾在可以提供交流電的兩層薄透明導體層之間。相當于真空管陽極的電子發光層，對著光電導體層已經被紅外光輻射轟擊的區域發射可見光，從而形成了可見的像。

　　紅外顯微鏡的名稱和外在性狀都是顯微鏡，但其實質內涵與常規光學顯微鏡并不一樣。常規的顯微鏡是將我們的觀察對象進行光學放大，通常是幾十倍到數百倍，發展到電鏡，我們可以將對象放大上千萬倍，我們利用顯微鏡來鑒別和區分不同的物質是根據它們的形態特征，但是，形態相同或相似的東西未必是同一樣物質，而紅外顯微鏡名稱是顯微鏡，并有著與光學顯微鏡類似的結構和外形，但它并不是利用電子束那樣利用紅外光來進行圖象放大，其實，它可能稱為微樣品紅外取樣器更合適，有時我們也稱它為紅外探針。它是利用顯微鏡的聚焦功能來獲得微小樣品的紅外光譜，限于紅外光的特性，目前用紅外顯微鏡可以測定的小樣品為10*10 um大小，我們可以利用它來采集諸如單根纖維、膠片上的缺陷等少量、微量樣品的紅外光譜，根據其特征吸收來推測其化學成分，或與其它物質的紅外光譜進行對比看看是否是同一成分構成，由于其定性依據是在物質的分子層面，所以它的可靠性較高。它的出現大大地改善了紅外對樣品的要求條件，更適合于在微區微量領域的使用。

　　隨著計算機技術和多媒體圖視功能的運用得以發展，其應用的領域也越來越廣泛。目前，已經運用到生物醫學、微生物學、法庭科學等研究中。

　　1、生物醫學中的應用

　　腫瘤是嚴重威脅人類健康和生命的疾病，盡管目前腫瘤診斷技術(內窺鏡技術、影象技術和腫瘤標志物檢查技術等)，但還是依賴于形態學的診斷來確定腫瘤的性質，分化程度及預后等。由此導致對腫瘤診斷存在一定的主觀性，而紅外顯微鏡是一種準確、、客觀的儀器，為腫瘤診斷技術提供了一條良好的途徑。它能夠在分子水平上反映組織中生物大分子結構組成及官能團振動方式的改變。分子水平上的變化一般早于細胞形態學方面的變化和機體癥狀的出現，所以這種變化可提供非常有意義的信息。

　　紅外顯微鏡在生物醫學上的鑒別診斷研究還處于探索階段，主要是通過各吸收峰的峰形、峰位和峰強的比較來實現的，尚缺少更客觀的量化標準。隨著研究的逐步深人，病例及研究數據的不斷積累完善，計算機輔助解析方法的進一步發展，化學計量學方法的合理應用，該方法有望成為醫學早期診斷的輔助方法。

　　2、微生物學中的應用

　　由于人類念珠菌病與念珠菌屬酵母菌多樣性的不斷增加，因此對其早期的識別和診斷是*的，它的使用，有利于降低與念珠菌感染相關的發病率和死亡率。

　　3、法庭科學上的應用

　　已成為法庭科學領域進行比對分析的主要儀器之一，廣泛應用于刑事案件、交通肇事等有關物證分析，為偵察工作提供線索，為法庭提供佐證。其中包括油漆、塑料與橡膠、油墨、指紋、油畫等證物的鑒定與分析。紅外顯微鏡還可以用于對古代油畫的成分分析，將油畫藝術品的橫斷面進行紅外成像，依據不同區域的特征官能團的分布，定性的判斷每層油畫顏料成分，這一方法為藝術品真跡和贗品的鑒定開辟了一條新的道路。