生物方法是根據生物與環境相適應的原理，通過測定水生生物的變化，間接判斷水質。比較常用的方法有：1、指示生物法。指示生物指在一定的水環境中生活、當水環境質量發生變化時便敏感地呈現出受害癥狀甚至消亡的生物。觀察和測定指示生物個體和種群的變化，可以比較準確地判斷出環境質量狀況。2、群落結構法。群落結構指存在于自然界一定范圍(或地域)內互相依存的一定種類的動物、植物和微生物的組成。監測水生生物的這種群落結構的變化可判斷水質狀況。3、生物測試法。即利用水生生物受到污染物的毒害后，產生生理機能變化的癥狀來判斷水體污染狀況。4、殘毒測定法。生物從環境中吸收各種污染物質，經過體內遷移、轉化和再分配，以殘毒形式蓄積在生物體內。生物體內的殘毒含量往往比周圍環境中的相應含量高好多倍。測定生物體內的殘毒含量，可判斷水受污染的狀況。  

近20年來，我們結合部分常規水質監測和環境影響評價的現狀監測，在珠江三角洲出海口門、山區水庫、三角洲河網、伶仃洋等水域實施與水質監測同步的生物監測、魚類調查和蠔業生產調查。利用生物群落結構、生物多樣性指數和水質指示生物的特性，總結出適合珠江三角洲的生物監測的方法，評價水質污染程度。我們還合理地運用各種新型分析儀器和技術，形成了與水環境相關的水生動物、水生植物、底棲動物、著生生物、生物體殘毒的監測分析能力，積累了大量的經驗和寶貴資料。

同時，我們也關注到國內已有許多學者在利用生物方法監測水環境方面做了大量的嘗試。如黃河蘭州段：底棲動物的種群分布和變化規律及與其相關的化學指標和水文特點的關系，總結出水生生物消長規律，對黃河蘭州段水質進行生物學評價；蘇州河：著生生物群落結構的生態學變化與水質的關系；黃浦江：著生藻類群落在水質監測中的應用，利用著生生物群落動態變化監測水質的研究等等。我們樂意與各地同行交流切磋，使生態學理論與環境監測技術方法密切結合，篩選出適合本地水域的指示生物和群落生物學指標，建立生態監測指標體系，使水質監測手段更加完善。